Las Misiones de la APS son minijuegos, para mantener la Isla de Club Penguin segura y divertida, hay 11 misiones para realizar.
Enemigos
Los principales enemigos de las misiones son Herbert el Oso Polar y Klutzy el cangrejo.
Ubicación
[[Después de la Destrucción de la Sala de Comando de la APS:]]
Se localizaban en la Sala de RV (Realidad Virtual) debajo de la nueva Sala de Comando de la EPF a la cual se accedía con el tubo transportador.
Después de la Operación: Apagón:
Se encuentran en Cosas Divertidas donde dice Jugar misiones de la APS. Antes se ubicaban en la Sala de RV pero con el ataque de Herbert en 2012 se cambiaron a la sección Cosas Divertidas de la pagina principal.
Desde el 11 de Junio del 2015:
Fue agregada a la Sala de Comando a un lado del laboratorio.
Misiones
- Mision 2: La Mision Secreta del Agente G
- Mision 3: El caso de las monedas desaparecidas
- Misión 4: Rescate en la Nieve
- Misión 5: El misterioso manojo blanco
- Misión 6: Preguntas para un cangrejo
- Misión 7: Operación Reloj
- Misión 8: Temblores misteriosos
- Misión 9: El espía secreto
- Misión 10: Escuadrón de pingüinos
- Misión 11: Villano Vegetariano